Wydział Filologiczny w strukturze uczelni pojawił się w roku 1951, kiedy dokonano podziału - egzystującego tylko przez pięć lat - Wydziału Humanistycznego. W rzeczywistości zgromadzone tu kierunki badań funkcjonowały od dawna na Wydziale Filozoficznym i mają niekiedy tradycję sięgającą
pięciu wieków wstecz, a najczęściej dwustuletnią lub stuletnią. 

Wydział Filologiczny w obecnej postaci powstał po odłączeniu się Instytutu  Polonistyki w 2005 roku.

W skład Wydziału wchodzi 8 jednostek: Instytut Filologii Angielskiej, Instytut Filologii Germańskiej, Instytut Filologii Klasycznej, Instytut Filologii Romańskiej, Instytut Filologii Słowiańskiej i wyłoniony z niego w drugiej połowie XX w. Instytut Filologii Wschodniosłowiańskiej, Instytut Językoznawstwa i Przekładoznawstwa oraz Instytut Orientalistyki.

Główne obiekty Wydziału Filologicznego zlokalizowane są w centrum Krakowa - przy Alei Mickiewicza, w oddanym do użytku w 2015 roku kompleksie budynków Collegium Paderevianum II, w znajdującym się obok Małym Paderevianum oraz przy ul. Ingardena 3. 

Dziekanem Wydziału Filologicznego w kadencji 2024-2028 jest dr hab. Władysław Witalisz, prof. UJ.

Dziekanat Wydziału Filologicznego mieści się na 1. piętrze Collegium Novum UJ przy ulicy Gołębiej 24.