Zgodnie z Uchwałą nr 58/V/2012 Senatu UJ z dnia 23 maja 2012 r. w sprawie wytycznych dla rad podstawowych jednostek organizacyjnych UJ w zakresie kształcenia na studiach doktoranckich, w szczególności z §2 pkt 11: „W programach studiów doktoranckich prowadzonych w formie stacjonarnej należy uwzględnić konieczność uzyskania przez doktoranta efektów kształcenia w zakresie umiejętności komunikowania się w języku obcym w obrębie dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, zgodnych z wymaganiami Europejskiego Systemu Opisu Kształcenia Językowego. Efekty kształcenia w zakresie umiejętności językowych odpowiadają poziomowi C1 Europejskiego Systemu Opisu Kształcenia.”

Program zakłada, że kandydaci na studia doktoranckie, którzy w chwili podejmowania studiów posiadają dokument potwierdzający znajomość nowożytnego języka obcego na poziomie co najmniej C1 (dyplom magistra neofilologii lub stosowny certyfikat językowy), osiągnęli już efekty kształcenia zawarte w powyższej uchwale, a więc za zgodą Kierownika odpowiedniej sekcji językowej Jagiellońskiego Centrum Językowego mogą uzyskać zaliczenie obligatoryjnego kursu języka obcego, zawartego w programie studiów (120 godzin, 4 punkty ECTS).

Kandydaci, którzy nie posiadają stosownego dokumentu mają możliwość doskonalenia znajomości języka obcego nabytej na studiach drugiego stopnia w ramach trwających cztery semestry kursów na poziomie C1 prowadzonych w Jagiellońskim Centrum Językowym. Zakłada to, że kandydaci w chwili rekrutacji muszą wykazać się znajomością nowożytnego języka obcego co najmniej na poziomie B2.

Doktoranci, którzy w ramach dotychczas realizowanego programu odbyli 60 godzin (dotyczy studentów trzeciego roku w starym cyklu studiów) lektoratu, muszą kontynuować naukę języka przez kolejny rok  (60 godz.), ale mogą również ubiegać się o zwolnienie z obowiązku uzupełnienia wymaganych 60 godzin na podstawie dyplomu studiów magisterskich w zakresie neofilologii lub odpowiedniego certyfikatu – decyzję o zaliczeniu lektoratu w tym trybie podejmują kierownicy sekcji językowych w Jagiellońskim Centrum Językowym. Stosowne dokumenty należy przedłożyć do wiadomości Kierownika Studiów Doktoranckch (decyzja administracyjna o zmianie wymagań zostaje odnotowana  w USOS).